Меню

ponomaryov.org.ua

Личный сайт

Генетические Данные в Открытый доступ

Отдай свой геном в опен-сорс! Может добрые люди тебя пропатчат!


Занимательный пост
, ремомендую ознакомиться. Человек возмущается отсутсвие толковых программистов, которые бы нормально накодировали сервис для поиска информации по собственным генам. История вкратце такова.

За две сотни долларов в штатах можно отправить свою слюну в контору, которая снимет снимет данные вашего ДНК. Не полную расшифровку, а по миллиону маркеров, впрочем я думаю это вопрос нескольких лет, в ближайшее время научатся быстро снимать и полную расшифровку. Кстати говоря, если информацию несет только некоторая часть нуклеотидов, то зачем нужны остальные? Вообщем, получить информацию о своем геноме сейчас доступно практически каждому.

В результате контора дает файл в котором в сыром виде есть информация обо всех снятых маркерах. Пока что известна влияние 15 тысяч маркеров, роль остальных маркеров из миллиона точно неизвестна. Собственно идея и заключается в том, чтобы собрать базу маркеров для многих людей и делать выводы и том, какую роль играю маркеры — цвет глаз, цвет волос, предрасположенность к болезням и т.д. Удобного способа организовать всю эту информацию пока что нет.

Так что автор поста ограничился тем, что выложил на github свою генетическую информацию, так сказать в открытый код. И предложил сделать тоже самое другим пользователям. На данный момент есть уже немалый пул коммитов от других активистов, которые готовы отдать информацию о своем геноме в открытый доступ. Чем все это закончится и в каком направлени движется точно неизвестно. Может быть в результате будем иметь что-нибудь интересное.

Пока что можно ознакомится с информацией о роли однонуклеотидных полиморфизмов в геноме в специально созданной SNP-педии. Например, Rs4988235, отвечающий за непереносимость молока (lactose intolerance) и Rs333, отвечающий за иммунитет к ВИЧ, который вызывает СПИД.